Skor 1-0 bertahan hingga turun minum.
Memasuki babak kedua, Fernando Santos membuat dua pergantian pemain. Nuno Mendes dan Cristiano Ronaldo ditarik dan digantikan Nelson Semedo dan Rafael Leao.
Dominasi Portugal terus berlanjut di babak kedua. Baru tiga menit laga berjalan, Portugal berhasil mencetak gol kedua mereka.
Berawal dari skema tendangan bebas, William Carvalho menanduk bola, namun berhasil dipatahkan Al Sheeb. Sayangnya, bola tepisan kiper Qatar itu jatuh ke kaki Jose Fonte yang tidak terkawal. Sang bek tidak kesulitan melakukan tap in sehingga Portugal unggul 2-0.
Pelatih Fernando Santos memaksimalkan laga ini sebagai laga uji coba. Pada menit 60 ia menarik keluar William Carvalho dan Goncalo Guedes untuk digantikan Bernardo Silva dan Joao Palhinha.
10 menit berselang giliuran Joao Mario dan Matheus Luiz yang ditarik digantikan Joao Moutinho dan Bruno Fernandes.
Secara garis besar di babak kedua ini dominasi Portugal terus berlanjut. Qatar hanya mengandalkan serangan balik namun mereka jarang membahayakan gawang Portugal.