Disamping kondisi DAS, curah hujan ekstrem dan alih fungsi lahan, juga ditengarai akibatkan banjir. “Setelah kita cek di lapangan maupun citra satelit, sebagian besar tutupan lahan di bagian hulu merupakan pertanian lahan kering, yaitu sayuran. Selain itu, sebagian besar situ dan rawa di daerah Bekasi dan sekitarnya itu semuanya sudah tertutup beton, disamping sistem drainase yang terganggu,” katanya.
Oleh karena itu, untuk rehabilitasi pada areal penggunaan lain (APL), KLHK mengharapkan peran pemerintah daerah dan masyarakat yang lebih besar untuk mendorong rehabilitasi kawasan tersebut.
Lebih lanjut, Hudoyo mengatakan banjir ini bukan masalah baru bagi Jakarta, karena secara alami terdapat lintasan air dari Bogor dan Depok serta bagian lereng DAS Ciliwung berupa kipas aluvial yang merupakan tanah lempung yang gampang mengalirkan air.
Hudoyo menyampaian kesimpulan penyebab banjir Jakarta, antara lain curah hujan tinggi hingga ekstrim, limpasan air dari Bogor dan Depok, bagian lereng kaki dari kipas alluvial DAS Ciliwung, hilangnya situ dan alih fungsi rawa, tutupan lahan di bagian hulu didominasi pertanian lahan kering (sayur-sayuran) dan pada area terdampak didominasi lahan terbangun sehingga limpasan permukaan tinggi dan infiltrasi rendah, sistem drainase tidak mampu mengantisipasi kenaikan volume air yang ekstrim serta permasalahan budaya membuang dan mengelola sampah yang buruk.