Salah satu perubahan pada format debat kali ini adalah KPU menyiapkan lima video yang mewakili tema debat yakni energi, pangan, infrastruktur, sumber daya alam, dan lingkungan hidup.
Dalam debat, Ketua KPU Arief Budiman akan memilih secara acak video yang akan dipakai. Kemudian video itu bakal jadi bahan Jokowi dan Prabowo berdebat bebas selama 16 menit di segmen keempat.
Materi video debat sendiri dirumuskan tim panelis dan akan diproduksi oleh rumah produksi profesional.
Selain video, perubahan lainnya adalah KPU tidak lagi membocorkan terlebih dahulu pertanyaan di segmen dua dan tiga seperti yang terjadi pada debat perdana.
Tim panelis untuk debat capres kedua ini beranggotakan Joni Hermana (Rektor Institut Teknologi Sepuluh Nopember), Nur Hidayati (Direktur Eksekutif Walhi), Arif Satria (Rektor Institut Pertanian Bogor), Irwandy Arif (ahli pertambangan Institut Teknologi Bandung), Ahmad Agus Setiawan (pakar energi Universitas Gadjah Mada), Sudharto Prawata Hadi (pakar Lingkungan Hidup), Dewi Kartika (Sekretaris Jenderal Konsorsium Pembaruan Agraria (KPA).
