Di Indonesia, USAID bekerja sama dengan pemerintah, sektor swasta, dan masyarakat sipil dalam berbagai program kesehatan, pendidikan, pembangunan ekonomi, lingkungan, serta demokrasi dan tata kelola pemerintahan.
Dalam pengumuman yang dirilis pada 24 Januari 2025, USAID Indonesia membatalkan tiga posisi pekerjaan, yaitu:
- Penasihat Penyakit Menular (Resident Hire USPSC Infectious Disease Advisor)
- Spesialis Manajemen Proyek Tuberkulosis (Project Management Specialist – Tuberculosis)
- Spesialis Manajemen Proyek Ketahanan Perkotaan (Project Management Specialist – Urban Resilience Lead)
Sejumlah kementerian dan lembaga di Indonesia selama ini menerima bantuan dari USAID. Misalnya, Kementerian Kesehatan RI menandatangani kesepakatan kerja sama dengan USAID untuk periode 2021-2025 dalam Grant Implementation Agreement of the Health Portfolio.
Hibah ini mencakup 25 program yang melibatkan 11 Direktorat dan Pusat di Kementerian Kesehatan serta 1 Direktorat di Kemendikbud sebagai pelaksana program. Fokus utama program ini meliputi kesehatan ibu dan anak, HIV/AIDS, tuberkulosis, penyakit tropis terabaikan, keamanan kesehatan global, serta penguatan sistem kesehatan dan penanggulangan Covid-19.